Misija sustava kvalitete jest trajno unapređenje svih segmenata rada Fakulteta – obrazovanja, znanstveno-istraživačkog i stručnog rada – kroz razvoj i implementaciju kulture kvalitete. U ostvarivanju ove misije, ključno je aktivno uključivanje svih dionika: studenata, nastavnika, suradnika, administrativno-tehničkog osoblja, uprave te vanjskih partnera iz gospodarstva, pomorske industrije, javnog sektora i međunarodne zajednice. Sustav kvalitete usmjeren je na osiguravanje relevantnosti, učinkovitosti i transparentnosti svih procesa na Fakultetu, a sve u skladu s nacionalnim i europskim standardima visokog obrazovanja.
Fakultet teži stvaranju poticajnog i odgovornog akademskog okruženja u kojem svaki član zajednice – student, nastavnik, istraživač ili suradnik – aktivno doprinosi podizanju razine kvalitete, inovativnosti i međunarodne prepoznatljivosti Fakulteta.